档案的整理工作就是将零散的和需要进一步条理化的档案进行基本的分类、组合、排列和编目，组成有序体系的过程。
档案的整理是企业档案管理工作中一个相对独立的组成部分，其系统的结构和运行机制具有一定的特点：一方面，就各个完整的档案综合体的生成及其全部流程而论，档案整理工作是由可以分解而又互相联系的若干内部环节( 要素) 组成的有机系统；另一方面，就特定的档案管理企业而论，整理工作的项目则因具体环境和档案状况而有所不同。档案整理工作的主要内容包括：区分全宗、全宗内档案的分类、编立保管单位( 一般是立卷) 、案卷的排列和案卷目录的编制。
一、区分全宗
企业档案全宗是特定的企业在进行生产经营及其他各项活动的历史过程中形成、积累下来的，是由各种原始记录所构成的、不可分割的有机体系，其成分包括特定企业的各种门类、各种形式的档案材料。确定一个企业的档案能否构成全宗，主要应研究它在行政上、财务上和组织人力资源上是否具有一定的独立性。即要具备以下条件：
( 1) 该组织可以独立行使职权并能以自己的名义单独对外行文。
( 2) 该组织是一个预算会议机构或独立的经济核算机构，自己可以编制预算或财务计划
( 3) 该组织设有管理人力资源的机构或人员，并有一定的人力资源任免权
有的立档机构并不完全具备这三个条件，其中最基本的是第一个条件，所以，具体区分档案全宗，应以此为核心，从实际出发，具体问题具体分析，灵活地、辩证地运用其构成条件。
判定档案具体属于哪个全宗，关键在于确定档案的形成者——立档机构，即形成档案全宗的企业或个人。需明确的概念是，一个全宗的成分，包括该立档机构的各种形式和各种来源的档案。对档案的形成者必须准确理解，不能把档案形成者等同于文件作者。为此，首先要掌握全宗构成中的文件的基本类型。全宗构成不外乎内部文件、发文( 存本、原稿) 和收文三种类型的文件，应主要从此三方面着手，分别查明各自的形成者。立档机构的内部文件和发文，其文件作者即档案形成者，只要查明文件作者，就确定了所属全宗。立档机构的收文，其实际接受者就是档案形成者，而不是文件作者。只要查明了收文的实际接受者，也就确定了其所属全宗。
二、全宗内档案的分类
对一个企业来说，企业档案分类是指根据企业档案的内容、性质、形成规律及相互联系，遵循统一的原则和要求，采用科学、适用的方法，对企业档案进行分门别类，从而使企业的全部档案成为一个条理化的、具有一定从属关系和平行关系的库藏系统。分类是企业档案整理工作的核心内容，是管理企业档案的基本手段。它包括选择分类方法、制定分类方案、为档案材料分类( 文件的归类) 和案卷排列等具体内容。
具体来说，企业档案的分类方法主要包括分类标准的选择、分类标准的组合与分类层次的确定等内容。
1. 企业档案分类标准的选择
分类标准有时被直接称为“分类方法” 。由于企业档案类型复杂，所以其分类标准也有很多。
( 1) 职能分类标准，即按档案内容所反映的管理职能分工来划分企业档案的类目。它是企业档案分类原则的重要内容，所以各类企业在档案分类中，均将职能分类标准应用于一级类目的设置。
( 2) 问题分类标准，即按档案内容所反映的问题性质来划分企业档案的类目。它有助于企业档案的科学管理和企业档案信息资源的开发利用。
( 3) 组织机构分类标准，即企业内部设置的组织机构来划分企业档案的类目。它可以客观地反映企业内部各个机构的工作活动的历史面貌，保持企业中同一内部机构形成的档案材料的完整。
( 4) 年度分类标准，即按文件形成或处理的所属时间阶段来划分企业档案的类目。它能够反映企业有关管理工作的发展变化情况，便于掌握，简便易行
( 5) 型号分类标准，即按产品或设备的种类与型号划分企业的产品档案或设备档案的类目。它可以将同一型号的产品或设备的档案材料集中，反映一个型号的产品或设备的全貌及其内部的结构隶属关系，便于按型号成套地利用有关档案。
( 6) 课题分类标准，即按独立的研究课题来划分企业的科研档案的类目。它可以使同一个研究课题的档案材料成套地集中在一起，能够全面、系统地反映一个研究课题的全部活动与历史过程，便于按课题查找利用有关档案。
( 7) 工程项目分类标准，即按独立的基建工程来划分企业的基建档案的类目。它可以反映一个工程项目的全貌，便于按工程项目查找和利用有关档案。
( 8) 专业性质分类标准，即按档案内容所涉及和反映的专业性质来划分企业档案的类目。它便于企业从专业性质的角度查找、利用有关档案。
( 9) 档案形式分类标准，即按档案文件的外形、名称及制作载体等来划分企业档案的类目。它使同一名称、同一形式、同一载体的档案材料得到集中。
2. 企业档案分类标准的组合
当企业档案的分类有两个或两个以上的层次时，就要采用分类标准组合的方法进行档案分类，但这些分类标准的运用是有先后次序的。当一个分类标准得到最先采用时，那么企业的档案材料必然会优先按照这个标准加以集中。所以，企业档案分类标准的组合，实际上是要解决按什么分类标准集中企业的档案材料，形成怎样的企业档案分类体系，为企业档案提供何种检索途径的问题。
企业档案分类标准组合的具体方法如下：
( 1) 企业档案一级类目设置方法。一级类目是企业档案分类的第一个层次。《工业企业档案分类试行规则》规定，工业企业档案的分类，设置九个一级类目：行政管理类、经营管理类、生产技术管理类、产品类、科学技术研究类、基本建设类、设备仪器类、会计档案类、领导员工档案类。但这不是绝对的，企业可以根据实际情况进行一些调整。如一些特大型企业或是生产程序特殊的工业企业，如冶金企业，可以根据各自档案构成的特殊性，适当增设有关的一级类目；而一些规模较小的企业，可以根据企业的工作性质、工作内容以及档案数量，减少或合并有关的一级类目；对于一些非生产性的企业，如商业企业、金融企业等，也可以根据各自的特殊情况，增设有关的一级类目。
( 2) 企业档案二级及二级以下类目设置方法。企业档案二级及二级以下类目的设置，同一级类目一样要依据企业管理职能的分工。
3. 企业档案分类层次的确定
企业档案分类层次的确定要根据企业性质、档案种类与数量等多种因素来具体确定，没有一个绝对模式。
( 1) 不同性质企业的档案分类层次的确定方法。规模较小的企业，因管理单纯，工作内容不复杂，形成档案数量少，所以分类时，可根据企业的实际需要，适当简化分类层次，必要时可以只设置一级。相反规模大的企业，档案的分类层次一般为三级甚至四级。
( 2) 同一企业的不同门类的档案分类层次的确定方法。这种方法是由工作性质与任务以及档案的数量与规模决定的。如商业企业中，其经营管理档案体现着这类企业的基本职能，其工作复杂，档案数量多，所以，可能需要划分三级或三级以上，而它的设备档案仅是企业的辅助职能，所以，只划两级就够用了。
三、编立保管单位( 立卷)
案卷是按照一定的主题、内部特征和外部特征编立的，是具有密切联系的若干文件的组合体。它既是档案的保管单位，也是档案数量统计和一般检索的基本单位之一，是组成全宗的基本单位。现行企业的文件立卷工作在文书部门和业务部门进行，但档案部门应该对立卷工作予以协助和指导。
四、案卷排列
指根据一定的方法，确定每类案卷的前后次序和存放的位置，保持案卷与案卷之间的联系。其排列方法有多种：
( 1) 按照案卷所反映的工作上的联系排列。
( 2) 按照案卷内容所反映的一定问题排列。
( 3) 按照案卷所属起止日期( 时间) 来排列。
( 4) 按文件的作者、收发文的单位以及文件内容所涉及的地区排列。
( 5) 人事档案或监察、信访等按人头立成的案卷，还可以按姓氏笔画、汉语拼音字母顺序或四角号码等方法排列。
前两种方法是最常用的，也是比较好的方法。上述方法，可以单独使用，但实际上往往是几种方法结合使用。其中，第一、二、四种，往往又都结合重要程度使用。一个全宗内各类案卷的排列方法，可以一致，也可以不一致。但是，一个类内的案卷的排列，在一个层次上只能用一种方法，以下再依次结合其他方法排列，而不能同时平列运用几种方法排列案卷。对于具有不同类型和保管期限的档案的全宗，在案卷排列中应予以区分。
五、编制案卷目录
案卷目录即案卷的名册，是著录案卷内容和成分并按一定次序编排的一览表。
设置案卷目录的原则是，必须按照全宗来编制，一个全宗编一本，也可以编几本案卷目录。因此，案卷目录的类型基本上有两种：以全宗为单位编制的综合目录；以全宗内各种门类为单位编制的分册目录。
分册目录按其门类的特征，其编制方法又可分为以下几种：
( 1) 以全宗档案分类的类别为单位编制。
( 2) 按保管期限编制。
( 3) 按保管期限结合分类方案编制。这种方法又可分为两种形式：按全宗内案卷的不同保管期限，各编制一本或几本案卷目录；按全宗内挡案分类的类别，各编制一本或几本案卷目录。
( 4) 按档案的机密程度分别编制。
一般，案卷目录的册数和案卷号码的位数不宜过多，以将案卷数控制在千位以内为宜。
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